El sistema de drenajes naturales de la Parroquia tiene como principales elementos varios ríos que cruzan el territorio de San Carlos con dirección sur este, para poder incorporar sus caudales al Río Napo. Varios de dichos ríos tiene su nacimiento mayoritariamente en territorios de la Parroquia Joya de los Sachas, ubicados al norte de la parroquia San Carlos, razón por la cual no se identifican sus cuencas al interior de los límites parroquiales. Se determina el nacimiento del Río Huamayacu y de la Quebrada Basura, desde el noroeste de la parroquia, los cuales se desarrollan con sentido sureste, hasta incorporar sus caudales al Río Napo.
Los drenajes principales incluso son utilizados como límites entre parroquias, es así que el límite oeste está definido por el Río Yanayacu, el límite sur el Río Napo, parte del límite este lo dictan el trazado del Río Blanco, Parker y Huamayacu.
Al interior de la parroquia además se identifican cursos menores, especialmente en al sur este del territorio parroquial.
Descripción de la Problemática de Contaminación.
Dentro de la parroquia se llevan a cabo actividades antrópicas de diferente naturaleza, las cuales alteran el sistema ambiental produciéndose en ciertos casos contaminación. Si bien la presencia de compañías petroleras en la zona ha significado una fuente de ingresos económicos adicionales mediante la contratación temporal de mano de obra no calificada y en ciertas ocasiones de plazas de trabajo regulares, tanto para colonos como comunidades indígenas, no es menos cierto que la actividad petrolera es dependiente de la apertura de carreteras, kilómetros de líneas sísmicas, la construcción de plataformas y de campamentos cuya ejecución requiere desbrozar los bosques naturales y su operación tiene ligadas actividades que interactúan con los elementos naturales. Por cada plataforma se abren aproximadamente 2 ó 3 hectáreas y por cada kilómetro de carretera se pierden entre 2 ó 3 hectáreas (Proyecto Bosque, 2009). A lo anterior se debe añadir el crecimiento paulatino de los poblados, ubicados dentro y fuera de la parroquia, lo cuales demandan servicios básicos apropiados, que actualmente se encuentran en el nivel de necesidades.
27 Es importante recordar que en la parroquia se ubican tres bloques petroleros, los cuales ocupan la totalidad del área de San Carlos.
En la parroquia de San Carlos, se han perforado aproximadamente unos 76 pozos, de los cuales más del 97,37% se encuentra en producción y el 2,63% corresponden a pozos reinyectores. Y, con respecto a las piscinas que se abrieron para soporte de las actividades petroleras, se tienen registros de 85 piscinas, de las cuales alrededor del 89,41% no presentan ningún tipo de tratamiento. (PRAS?MAE, SIPAS, 2011). Hay que considerar que los datos son aproximados, puesto que para el caso de las actividades petroleras privadas, si bien hay un estimado de las áreas de intervención, aún no se cuenta con un inventario respaldado por la autoridad para obtener un número de pozos y piscinas que potencialmente afectan la calidad del agua y suelo. Durante el desarrollo de la actividad hidrocarburífera se han generado puntos de contaminación, entre los cuales pueden indicar los siguientes:
