De acuerdo a la información entregada por el Sr. Ángel Yanza, presidente de la Junta Parroquial de San Carlos con oficio No. 233 JP?SC AY P10, de fecha 26 de agosto del 2010, se refiere a la historia de la parroquia desde sus primeros asentamientos humanos hace aproximadamente cuatro décadas, en la época de la explotación petrolera; familias provenientes de otros lugares hicieron posesión y comenzaron sus labores dirigidas a la agricultura.
Progresivamente fueron gestionando servicios básicos dando forma a la escala del desarrollo en el campo de la salud y sobre todo a la vialidad.
La explotación petrolera atrajo a varias familias a radicarse en este sector; estas familias fueron los primeros colonos quienes formaron una pre cooperativa, dándole el nombre de San Carlos, en honor al señor Carlos San Miguel quien tenía una propiedad en el margen izquierdo del río Napo.
Para favorecer el centro poblado a pedido de los moradores de aquel entonces el IERAC desmembró terrenos por cuantos habitantes, lotizando de esta manera el área y poniendo en venta terrenos; San Carlos empieza su historia hasta que el 9 de agosto de 1988 es elevado a la categoría de Parroquia Rural.
